软件公司受多个部门监管，包括工业和信息化部、国家版权局和中国软件登记中心等。
工业和信息化部是软件产品登记的核心管理机构。该部门负责制定和执行与软件产业相关的政策、标准和技术规范，对软件产品的市场准入进行审批和监督。通过这种方式，可以确保市场上的软件产品符合国家安全和质量的要求，保护消费者免受劣质或恶意软件的侵害。
国家版权局是中国软件著作权登记的主管机关，负责全国范围内的软件著作权登记工作。这一措施对于保护软件开发者的合法权益至关重要，它不仅能够为开发者提供法律上的保护，防止他人未经授权使用其创作，还能促进技术创新和知识共享。
国家知识产权局专利局则负责专利权的申请、审查和发放，这是对企业技术创新成果的法律认可。这对于鼓励企业持续创新、提升核心竞争力具有重要作用。
除了上述核心机构外，还有其他一些相关政府部门和行业自律组织也在软件公司运营中扮演着重要角色。例如，文化和旅游部、国家市场监督管理总局等，它们分别从文化传播和市场监管的角度对软件行业进行规范和指导。中国软件行业协会等行业自律组织在行业标准的制定、行业行为的约束以及企业信用评价等方面发挥着积极作用。